ペトロヴィッチ・マッドナー

舞台は1995年。後に『アウターヘブン蜂起』と呼ばれる事件が描かれる。 彼は娘の”エレン”とともにアメリカへの亡命を図っていたが、 その最中に武装要塞国家『アウターヘブン』により拉致されてしまう。 アウターヘブンはマッドナー博士の二足歩行兵器開発に関する技術力を欲し、 娘を人質とすることで彼に兵器開発を強要するのだった。

本作のプレイヤーキャラクターであるFOXHOUNDのエージェント”ソリッド・スネーク”は 『OPERATION INTRUDE N313』により、 アウターヘブンが保有する新型兵器『TX-55（メタルギア）』を破壊するため要塞に単身潜入する。 そしてシナリオの終盤、メタルギアの破壊方法に関する情報を入手するため、その開発者であるマッドナー博士の救出を行う。 その際、マッドナーは情報提供の交換条件として、同じく要塞に捕らわれている娘のエレンの救出をスネークに依頼しており、 プレイヤーはビル1の地下1階に監禁されたエレンの救出に向かうことになる。

ちなみに、攻略法を知っていればマッドナー博士から情報を聞き出さなくても システム上ゲームがクリアできるため、彼ら親子の救出も素通りすることができる。 そのためマッドナーの命運はプレイヤーに委ねられているが、 後の作品でも彼は登場するため助け出されるルートが正史となっている。

舞台は1999年。後に『ザンジバーランド騒乱』と呼ばれる事件が描かれる。 本作のプレイヤーキャラクターであるFOXHOUNDのエージェント”ソリッド・スネーク”は 『OPERATION INTRUDE N014』により、 ザンジバーランドに拉致されたチェコの科学者”キオ・マルフ”を救出すべく、要塞へと単身潜入する。 そして基地内で入手した情報をもとに独房へとたどり着くと、そこから何か規則性のある足音のような音が聞こえる。 それはタップ・コードと呼ばれる暗号であり、無線の周波数を表していた（140.82）。 そこに連絡すると、応答したのはマルフ博士ではなく、かつてアウターヘブンで スネークに救出されたマッドナー博士であった。 彼はマルフと一緒にアメリカを訪問した際、 ともにザンジバーランドにより拉致されてしまったのだと話す。 彼とマルフはプラハの学会で面識があり、言葉が通じないながらも学者仲間として交流していたのだという。 マルフは数日前に別の場所に移されてしまったらしく、すでにその独房にはいなかった。 ちなみに、タップ・コードの解読方法についてはゲームのユーザーズマニュアルに記載されており、 作中では作戦司令官のロイ・キャンベルからもそれを参照するよう促される[注]。

マッドナーはスネークに対し、 自分がザンジバーランドの地で再び核搭載歩行戦車『メタルギア』の開発を強いられている事実、 そして今回の事件の首謀者が、かつてのアウターヘブンと同じく伝説の傭兵”ビッグボス”であることを明かす。 ビッグボスはメタルギアと マルフが発見した高純度の石油を精製する微生物『OILIX（オイリックス）』を手中に収めることによって ザンジバーランドの軍事的優位を確立しようとしていたのだった。 ビッグボスの野望の阻止に貢献する意志を示したマッドナーは、 マルフの身を案じ、また彼の居所に関する手がかりをスネークに与える。 スネークは彼の情報をもとに、 マルフのアメリカ訪問にあたって護衛を担当していたチェコ国際秘密警察の女性工作員”グスタヴァ・ヘフナー”と接触。 彼女の通訳により、マルフとの交信に成功する。 基地の北にある収容所に移されてしまったというマルフの救出に先立ち、スネーク、グスタヴァの両名はマッドナーと接触。 久々に顔を合わせたスネークはマッドナーに『少しやせたな』と声をかけ、マッドナーは『君は変わらんな』と返した。 そして、合流した3人はともにマルフの救出に向かうが、 収容所のあるクレバスの北側へ渡るための橋にたどり着いたとき、彼らはかつてのスネークの戦友である グレイ・フォックスの操るメタルギアによる襲撃を受ける。 それによりグスタヴァは命を落とし、 ただ一人橋を渡りきっていたマッドナーは再び敵に連れ去られてしまう。

やがて、任務を続行したスネークはついにマルフのもとへとたどり着く。 しかし、そこに居合わせていたマッドナーは既にマルフが息を引き取ったことを告げる。 マッドナーはもともと心臓の弱いマルフの身体がもたなかったと語るが、彼の首筋には不審なアザが見られた。 そこで突然、スネークの作戦に協力していたCIAの女性工作員”ホーリー・ホワイト”から無線連絡が入り、 スネークは彼女の口から、マッドナーが東西の最新科学をザンジバーランドに流す二重スパイとして暗躍していたという真実を突きつけられる。 マッドナーはアウターヘブン蜂起を生き延びた後、 亡命先の西側諸国において過激な極論を展開する狂気の学者として扱われて学会の隅へ追いやられていたらしく、 学会に復讐する目的でザンジバーランドに加担していたのだった[注]。 マルフは、OILIXの技術情報を収めたマイクロフィルムが格納されたロッカーの解錠方法を聞き出そうとした マッドナーにより拷問を受け、殺害されていた。 またホーリーは、マルフがザンジバーランドに拉致されたことも、 マッドナーが彼の渡米スケジュールを密告したためだろうと推測した。 さらに、彼らが襲撃を受けグスタヴァが死亡したことも、 彼がグレイ・フォックスに情報を流していたためだった （3人で行動をともにしていた際にマッドナーは『用を足す』として一時姿を隠しており、その際に連絡していた）。

正体が暴かれたマッドナーは、スネークに対して 自らのロボット工学にかける情熱と、それを受け入れなかった西側諸国に対する恨みを打ち明ける。 そして、スネークがグスタヴァから受け取っていたロッカーの鍵を奪い取るため、 マッドナーはスネークに襲いかかる。 プレイヤーは、スネークの首を後ろから締め上げるマッドナーを振りほどくため、 ある意味ボス戦のようなイベントに挑むことになる。 彼は背後にいるため格闘や銃による攻撃は当たらないが、床にプラスティック爆弾を追いて背後で爆発させるなどして攻略することができる。 やがてスネークに倒されたマッドナーは、 『娘のエレンへのプレゼント』として彼にメタルギア改Dの破壊方法を伝えた。 以降、同作で彼は姿を現すことはない。

舞台は2014年。姿は現さないが、ACT3『Third Sun』にて『マッドナー博士』という名前が登場する。 本作によって、彼がかつてのザンジバーランド騒乱後も生き延びていたことと、 東欧に潜伏してサイバネティックスの研究を続けていたことが判明した[注]。

彼はかつて『愛国者達』の手によりサイボーグと化した”雷電”を治療したことがあるらしく、 雷電が軍事用人工血液（ホワイトブラッド）の透析を必要とした際、 彼の紹介によりプレイヤー＝オールド・スネークと行動を共にしていた ナオミ・ハンター、サニーがマッドナーと接触し雷電の治療を依頼。 やがてマッドナーの手によって雷電は救われる。 ちなみに、ナオミ、オタコンの両名ももともと彼のことを知っていたらしく、 オタコンは彼について、アングラで活動する世界的なサイバネティックスの専門家だと語った。

残念ながら本作において、スネークがマッドナーについて自らの心中について語るシーンは用意されていない。 先述の治療の件でもマッドナーと直接関与しておらず、ザンジバーランドにおける彼との過去から気まずさを感じているのかもしれない。