アフリカ南東部に位置するローデシア共和国出身の女性。白人のように見えるが、元々肌の色は褐色に近いとされる。 遺伝子工学を専門とする非常に優秀な科学者で、医師という顔も持つ。 米国の大手バイオ技術開発企業『ATGC』に所属し ナノマシン技術の基礎を発明した功績を持つ。 また、CIAの特殊部隊FOXHOUNDのメディカルスタッフとして活躍した経歴も持ち、隊員たちからは敬愛を込めて”ドクター・ナオミ”と呼ばれた。 ”ナオミ・ハンター”という名前は米国へ移住した際に入手した他人の戸籍上の名前であり、出生名は本人も知らない。 この境遇が遺伝子に興味を向けるきっかけになっている。
彼女は幼い頃戦争孤児であり、その辛い環境から救い出してくれたフランク・イエーガーや 20世紀最強の兵士ビッグボスに深い恩義を抱いており、 彼らを戦闘によって再起不能の身体にした伝説の兵士ソリッド・スネークに対して強い恨みを抱く。 その復讐心を発端として彼女は軍への関わりを持ち始め、ビッグボスと闇の存在愛国者達の抗争に深く関わることとなった。 その中で彼女は自らの生み出した軍事技術に対し強い罪悪感を抱き、その罪滅ぼしとしてオセロットやEVA(エヴァ)による反愛国者達活動に協力した。 やがてソリッド・スネークとは互いの過去について打ち明けて和解したが、 愛国者達を消滅させる役割を全うするためスネークの内に潜む ナオミへの罪悪感を利用するという残酷な行為に手を染めることになった。 その境遇ゆえ生前に本当の想いをスネークに伝えることは叶わなかったが、 遺したビデオメッセージによってそれを果たしている。
また2014年の作戦中にソリッド・スネークのパートナーであるハル・エメリッヒと接触し、恋仲になっている。 死別する運命は避けられないと分かっていたが、課せられた役割の中で唯一心の安らぐ時間を得ることができ、 同じくビデオメッセージにてハルに対する感謝の気持ちを語っている。