ジェニファー (人質)

本作は2部構成になっており、 ジェニファーは、2009年の『ビッグシェル占拠事件』が描かれる 本編『プラント編』にて登場する。 メインキャラクターではなく、ゲームプレイ上の隠し要素のような存在となっている。 ストーリー上の詳しい動向については、後項『経歴』の『ビッグシェル占拠事件』を参照のこと。

主人公（プレイヤーキャラクター）の”雷電”は 海上除染施設『ビッグシェル』への単独潜入ミッションに挑む中で、 人質となっているシークレットサービス”リチャード・エイムズ”に接触すべく ビッグシェルの『シェル1 中央棟 地下1階 ”集会場(ホール)”』を訪れると、 そこにはエイムズを含む多くの政府関係者たちが拘束・監禁されており、 その中の一人としてスーツ姿の女性”ジェニファー”も捕らえられている。 そこでは、心臓に”ペースメーカー”を埋め込まれているとされるエイムズを探すために 装備『指向性マイク』を使って人質たちの心臓の音を聞きわけ、 エイムズに対して”呼びかける”アクションを行うことでゲームが進行するという攻略法になっているのだが、 エイムズ以外の人質に対して”呼びかけ”を行った場合にも何らかの反応があり、 人質が騒いで敵に見つかりやすくなってしまうなどの仕掛けがある。 そんな中で、なぜかジェニファーは他の人質と異なり”猿ぐつわ”をされておらず（目隠しはされている）、 雷電（＝プレイヤー）が彼女にエイムズであるかと問いかけると、 『私はジェニファーよ』と返事をし、名前が判明する。

その後も”呼びかけ”を行うと、雷電は『あんたはジェニファー』と発言し、 それに対し彼女は『近寄らないで！』などと叫び声を上げ、嫌悪感を顕にする。 また、彼女に呼びかけたり武器『M9（麻酔銃）』で眠らせると 短時間脚を開くため下着を覗けてしまうという仕掛けも用意されており、 それを行った上で”大佐（140.85）”に無線連絡すると ”ローズマリー”から罵倒されるというネタ要素が仕込まれている （写真撮影を行った際の無線も別途用意されている）。

さらに、マイクを女性の人質に向けたままL3ボタンを押すと雷電が スリーサイズと思われる数字を発言するという隠し要素もあり、それによるとジェニファーは『86 58 88』らしい （この仕様は『メタルギアソリッド HDエディション（2011年発売）』の ”PlayStation Vita版”においては、ハードにL3ボタンが存在しないためカットされている。）。 これについて、MGA2に登場するカード『ジェニファー』の解説文において その数値が、彼女の寄りかかっている机に貼られたプレートに書かれていると説明されており、 雷電が目算していたわけではなかったことが示されている（他の人質については不明）。

収録されている短編ストーリーの一つ『A Wrongdoing』にて、 米政府の”シークレットサービス”としてジェニファーが登場。 同ゲームモードのストーリーパートはテキストのみによる進行であるものの 多くのセリフが用意されており、 MGS2の本編（正史シリーズ）と異なって メインキャラクターのような扱いとなっている。

主人公（プレイヤーキャラクター）の”ソリッド・スネーク”は、 テロリストにより占拠された海上除染施設『ビッグシェル』へと単身潜入し、 人質の救出とテロリストの武装解除という任務に挑むが、 シナリオの序盤、彼の上官”ロイ・キャンベル”から無線連絡が入り、 ”ジェニファー”というシークレットサービスからの”電子メール”により 彼女ら人質が『シェル1 中央棟 地下1階』に捕らえられていることが分かったと告げられる。 ここでシェル1 中央棟を訪れて人質を助けるかはプレイヤーの判断に委ねられており、 シナリオの分岐要素となっている。

スネーク（＝プレイヤー）がシェル1 中央棟 地下1階の”集会場(ホール)”を訪れると そこには20人以上の人質が拘束されており、 ここではジェニファーから情報を得るため彼女に接触することが目的となるが、 ジェニファーは拘束されたまま後ろ手でメールを打っていることから、 装備『指向性マイク』によってその”音”を検知し 彼女に対して”呼びかける”アクションを行うことでゲームが進行するという攻略法になっている。 ジェニファーとの接触に成功すると、彼女から 人質を救出するためには中央棟のどこかに仕掛けられている爆弾を処理する必要があると告げられる。 これを受け、その爆弾（中央棟の”地下2階”に設置されている）を探して装備『冷却スプレー』によって無力化した上で ボスキャラクター”ファットマン”を討伐すると、人質が全員生還するエンディングを迎え、ジェニファーも再び登場。 そのエンディングでは、内通者としてシナリオの序盤から登場しているシークレットサービス”リチャード・エイムズ”と ジェニファーがとても親しい関係であることが示唆されている。 また、ファットマンを”スタミナキル”すると いわゆる”トゥルーエンディング”を迎え、 エイムズがかつてファットマンに妹を殺されたという個人的な恨みから 黒幕のようにテロの発生を手引きしていたという真実が明かされるのだが、 ジェニファーは彼の過去を知っておりその苦しみに理解を示しながらも、 エイムズがファットマンを銃殺しようとするのを制止し、彼を警察に引き渡すという正義感を見せた。

ゲーム中に使用するカードの一つとして MGS2より『ジェニファー』が登場。

ゲーム中に使用するカードの一つとして MGS2より『ジェニファー』が登場。 性能の異なる『ジェニファー＋』のカードもある。