J.D.（ジョン・ドゥ）

年老いたゼロから闇の組織『サイファー』の運営を引き継いだ大規模なAIプログラムで、 『愛国者達』の正体。 S3計画やSOP技術の開発、戦争経済の普及などを 実行に移し、21世紀のアメリカ合衆国を影で支配していた存在である。 愛国者達のAIは他にも『G.W.』、『T.J.』、『A.L.』、『T.R.』の4つが存在するが、 J.D.が最高権限を持ち、他のAIを束ねていた。 軍事力に関しては、大量破壊兵器（＝核兵器）の管理はJ.D.が単体で行なっていた。 AI開発の中心となったのはサイファーの創設メンバーの一人ドナルド・アンダーソンであり、 彼の手で1970年代にはすでにAIシステム愛国者達の活動は開始していた。

2014年にリキッド・オセロットの策略によって ナオミ・ハンターが開発したワームクラスターが流し込まれ、 ついにJ.D.をはじめとするAIは崩壊、愛国者達はこの世から消滅した （詳しくはガンズ・オブ・ザ・パトリオットを参照）。 ちなみにJ.D.（ジョン・ドゥ）という名前はアメリカで男性の身元不明死体、”名も無き男”を指し示す。