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冷戦の時代にゼロ少佐とジャック(後のネイキッド・スネーク/ビッグボス) によってアメリカで創設された、隠密作戦を主とする特殊部隊。CIAの管轄下に置かれた。 主にエージェントを現地に単身潜入させ、軍用機などに本部を構えて作戦をサポートするという作戦のスタイルを取る。 1960年代においてこのようなソルジャーとエージェントを兼ねたような工作員のスタイルは 斬新であり、後の特殊部隊に大きな影響を与えた。
1964年に実施された初の作戦バーチャスミッションは失敗に終わったが、 その一週間後に実施されたスネークイーター作戦により前回の失敗の後始末を成功させ 見事汚名を返上、正式に部隊として認められた。 この時にソ連の地に潜入したエージェントネイキッド・スネークは 世界を核戦争の危機から救った英雄として、アメリカからビッグボスの称号を与えられた。 また、いずれの作戦でも指揮官はゼロが務めた。 この時のメンバーはこの2名の他に、医療班であるパラメディックや 技術班であるシギントなどが挙げられるが、 その他の隊員の詳細は不明。 スネークイーター作戦後、スネークは部隊を脱退した。
スネークが脱退した後のFOX部隊では、メンバーのほとんどが入れ替わっていった。 やがて1970年にFOX部隊は核兵器を強奪して反乱を起こす(サンヒエロニモ半島事件)。 当時の主要メンバーは、中心人物のジーンの他に、 カニンガム、パイソン、ウルスラなどが挙げられる。 この反乱はビッグボスが現地で結成した反撃部隊によって鎮圧され、 同時にこれがFOX部隊の終焉となった。
その際、ビッグボスが結成した部隊が、 後にFOXHOUND(FOXを狩るもの)部隊として正式な部隊となった。