FOXのエージェントネイキッド・スネークがバーチャスミッションにおいて ソコロフの奪取に失敗した際、ソコロフとシャゴホッドを手に入れた GRUのヴォルギン大佐は、大要塞グロズニィグラードへと向かう途中のヘリから小型核砲弾「デイビークロケット」を、KGBの管理下にあった秘密設計局「OKB-754（通称ソコロフ設計局）」へと撃ち込み、消滅させたのだった。さらにその時FOX部隊の軍用機の機影がKGBに捉えられていた。そのためソ連の最高責任者フルシチョフは、デイビークロケットはソ連へと亡命したザ・ボスが撃ち込んだもので、これはCIA（アメリカ）の策略ではないかという嫌疑を当時の合衆国大統領リンドン・ベインズ・ジョンソンへ突きつけたのだった。この事態にCIAは自分たちの潔白を消滅するために、「ザ・ボス抹殺計画」としてこのスネークイーター作戦を立案したのだった。「スネークイーター作戦」という名前は、ザ・ボス率いるコブラ部隊 を相手にすることからつけられた。

こうしてネイキッド・スネークは、最愛の師匠であるザ・ボスを抹殺するために再びソ連の地へと降り立った。作戦は前回と同じくFOX部隊の総司令官ゼロ少佐が指揮を取った。そしてスネークは、GRUに潜伏しながらCIAをサポートすることになった女スパイEVA（エヴァ）の協力を受け、立ちはだかる大戦中の英雄コブラ部隊の隊員たちを返り討ちにし、ついに大要塞グロズニィグラードへと到達する。そこでスネークはヴォルギンとの死闘を繰り広げる。グロズニィグラードからの脱走劇の中、 EVAの協力を得て、彼の操るシャゴホッドもろともヴォルギンを撃退したのだった。

そしてネイキッド・スネークは最大の任務である、自らの師匠ザ・ボスの抹殺を決行することになる。ザ・ボスは逃げも隠れもせず、オオアマナの咲き乱れる草原でスネークを待っていた。そこでザ・ボスはスネークに自らの意志「世界をひとつにしたい」という想いを語る。しかし彼女は今回の事件における行動の意味、核心を語らなかった。スネークはそんなザ・ボスの様子に戸惑いながらも、最後の一騎打ちに挑んだ。そしてスネークはかつての師匠で、親のような存在であるザ・ボスをついに乗り越えた。戦いに敗れ、死を受け入れたザ・ボスと最後の言葉を交わすと、その命をスネークは一発の銃弾で奪い取ったのだった。

事件が収束した後、スネークはザ・ボスの行動の意味を知る。真実はEVAの口から伝えられた。彼女は作戦中ザ・ボスに伝言を託されていた。実は今回の事件は、ザ・ボスを偽装亡命させてわざとスネークに殺させるアメリカ政府の策略だったのである。その目的はシャゴホッドの破壊と、ヴォルギン大佐が隠し持っていた秘密資金賢者の遺産を手に入れることだった。スネークは作戦が完了した後、世界を核戦争勃発の危機から救った真の愛国者としてアメリカ合衆国から「ビッグボス」の称号を与えられた。しかし真実を知ったスネークの心が晴れることはなかった。彼は心に深いキズを負い、最愛の恩人の命を奪ってしまったことを生涯悔やみ続けることになる。これが後にビッグボスが公式軍から離れてフリーの軍人として世界を放浪するきっかけとなる。

一方、EVAは中国政府のスパイとして賢者の遺産を手に入れることが真の目的であったため、ザ・ボスがスネークに託した賢者の遺産のマイクロフィルムを盗み、姿を消した。しかしアメリカ政府はさらに裏をかいていた。当事件でスネークが出会った、ヴォルギン大佐の部下オセロットは、実はCIA→KGB→GRUというようにKGBのスパイを装ってGRUに潜入していたアメリカの三重スパイ（トリプルクロス）であったのだ。彼はヴォルギン大佐の部下という立場を活かしてザ・ボスが手に入れる前にマイクロフィルムをすでに偽物とすり替えていた。これにより中国政府は偽物のマイクロフィルムを掴まされ、この事件で最後に賢者の遺産を手にしたのはアメリカであった。この賢者の遺産は後にオセロットがCIAから奪い返し、ゼロの手に渡ることで組織「愛国者達」創設の資金となる。