バーチャス(貞淑な)ミッション。 冷戦の時代に存在した隠密特殊部隊FOX(フォックス)が、 部隊の有効性を実証するために、CIAの指示のもと遂行した任務である。
発端は1962年のキューバ危機。この事件において、アメリカの必死の交渉の末、ソ連のキューバへの核兵器の配備は中止され、世界は全面核戦争の危機を乗り越えた。 このとき実は、アメリカはソ連のある条件を呑むことで交渉を成立させていた。 その条件とは、同年にソ連から西ドイツへと亡命していたロケット開発の権威である ニコライ・ステパノヴィッチ・ソコロフをソ連へ返還することだった。 ソ連はたった一人の科学者を手に入れるためにキューバ撤退に合意していた。 ソコロフはシャゴホッドと呼ばれる、 世界のパワーバランスを崩壊させるような恐るべき核兵器を開発していたのだった。
そして2年後の1964年、このシャゴホッドが完成間近という情報を入手したCIA(賢者達)は バーチャスミッションを立案、FOX部隊に ソ連への潜入とソコロフの奪還を依頼する。 そしてFOXは、ゼロ少佐を指揮官とし、 一人のエージェントをソ連へと送り込んだ。 彼は本作戦でネイキッド・スネークのコードネームを与えられ、 後にビッグボスと呼ばれる男であった。
しかし作戦は失敗に終わる。スネークのかつての師匠である ザ・ボスが作戦中突如スネークの前に現れ、 ソ連への亡命を宣言、ソコロフを奪い取り、GRUのヴォルギン大佐と共に立ち去ったのである。 その際、多大なショックを受けたスネークは戸惑い、ザ・ボスの手で川へと投げ落とされ、重症を負う。
こうして作戦が失敗に終わり、ゼロとスネークは処罰の対象となる。 しかし数週間後、存亡をかけた最後のチャンスが与えられ、スネークイーター作戦に挑むことになる。