2007年に、ハドソン湾を航行していた輸送タンカーがマンハッタン沖にて海底へ沈没した事件。 この事件によりタンカーに積まれていた原油が大量に海に流出し、 海上除染施設「ビッグシェル」が建設される原因になった。
2005年のシャドーモセス島事件以降、 伝説の英雄ソリッド・スネークと 相棒のオタコンは 反メタルギア財団「フィランソロピー」を設立し、 世界中のメタルギアを破壊して回っていた。 そんな中で2007年、スネークとオタコンは 海軍の手によって新型メタルギアが開発され、極秘裏に輸送されるという情報を掴んだ。 そしてスネークは、ハドソン湾を航行中のタンカーに単身潜入するのであった。
しかし、まるでスネークの潜入を待っていたかのように、 タンカーはセルゲイ・ゴルルコビッチ率いるロシアの私兵部隊によって占拠される。 さらにそのメンバーには、かつてシャドーモセス島事件でスネークと戦った リボルバー・オセロットも参加していたのだった。
スネークはテロリストたちの警備をかいくぐり、タンカーの船倉に格納されている新型メタルギア、 「メタルギアRAY」のもとへたどり着く。 しかしそこでオセロットがその本性を現した。 彼はタンカーの責任者である海兵隊司令官スコット・ドルフを殺害し、 その後ロシア私兵部隊のリーダーセルゲイ・ゴルルコビッチを裏切り、彼をも殺害した。 そしてオセロットはメタルギアRAYを強奪し、そしてタンカーを沈没させて姿を消した。 その際、スネークもその沈没に巻き込まれ、消息を断ってしまう。
実は今回の事件は、ある巨大な闇の組織の陰謀によって引き起こされたもので、 オセロットはその手先であったのだ。 ソリッド・スネークに至っても、彼らの用意した情報によってタンカーへ導かれていたのだった。 この事件によりスネークとオタコンはタンカーを沈没させた犯人に仕立て上げられ、 世界的な指名手配犯となってしまう。
この事件はその巨大な陰謀の幕開けに過ぎなかった。 その真相は次のステップである「ビッグシェル占拠事件」で明らかになる。